Zunächst wurden am 24. April 1942 23 Kissinger Juden zusammen mit 21 jüdischen Männern und Frauen aus dem Landkreis Bad Kissingen am frühen Morgen mit der Reichsbahn nach Würzburg gebracht, wo sie um 7.20 Uhr am Hauptbahnhof eintrafen.
Von dort wurden sie mit über 800 anderen mainfränkischen Juden zur Sammelstelle im Platz’schen Garten gebracht und durchsucht. Am nächsten Morgen trieb man die 852 Juden durch die Stadt zum Aumühlbahnhof. Dort mussten sie einen Transportzug besteigen und wurden über Bamberg, Saalfeld, Glogau, Kalisch, Radom und Deblin zum Bahnhof Krasnystaw in der Nähe von Izbica gebracht, wo sie nach dreitägiger Fahrt ankamen. Vom Bahnhof in Krasnystaw wurden sie zu Fuß in das Durchgangslager Krasniczyn getrieben. In den darauffolgenden Wochen kamen sie aufgrund der unsäglichen Lebensbedingungen in diesem oder weiteren Lagern um oder wurden in den Vernichtungslagern der Region Lublin ermordet. Keiner der 23 aus Bad Kissingen deportierten Juden hat überlebt.
Im Mai 1942 erfolgte dann die Zwangsverlegung der letzten in Kissingen verbliebenen Juden nach Würzburg in das jüdische Alten- und Krankenheim in der Dürerstraße 20 bzw. in ein als „jüdisches Unterkunftshaus“ bezeichnetes Zwangs- und Sammelquartier in der Bibrastraße 6. Es handelte sich um 18 jüdische Männer und Frauen, die aufgrund ihres hohen Alters am 24. April nicht in die Region von Krasnystaw deportiert worden waren. Am 10. und 23. September 1942 wurden die nach Würzburg verbrachten Kissinger Juden mit der Reichsbahn in das Konzentrationslager Theresienstadt deportiert. Ein Teil von ihnen starb dort, die übrigen wurden später in andere Vernichtungslager - insbesondere nach Auschwitz - deportiert und dort ermordet. Von den deportierten Juden, die längere Zeit in Bad Kissingen gelebt haben, haben nur Rose Löwenthal und Emilie Schloß die schrecklichen Zustände in Theresienstadt überlebt.
Am 29. Mai 1942 erschien in der Saale-Zeitung die Meldung „Bad Kissingen judenfrei“, in der die Mitteilung des Bürgermeisters, dass „am 20. Mai 1942 der letzte Jude Bad Kissingen verlassen“ habe, mit den Worten kommentiert wurde, dass man „nur mit großer Freude von dieser Mitteilung Kenntnis nehmen und die Bad Kissinger Einwohner sowie die das Bad gern besuchenden Kurgäste zu diesem freudigen Ereignis beglückwünschen [kann]. In Zukunft wird keiner mehr in Bad Kissingen durch den Anblick eines Judensterns unangenehm berührt werden."
Im heutigen Stadtteil Garitz wohnte zu diesem Zeitpunkt allerdings noch ein jüdischer Bürger, Adolf Schönwiesner, dessen jüdische Identität erst 1943 bekannt wurde. Er wurde 1944 nach Auschwitz deportiert und hat nicht überlebt. Als einzige jüdische Mitbürgerin, die allerdings schon vor 1933 zum Katholizismus konvertiert war, blieb die damals 61jährige Vally Ihl von der Deportation und Ermordung verschont, da sie mit ihrem nichtjüdischen Ehemann Dr. Otto Ihl in einer sogenannten „privilegierten Mischehe“ lebte. Dieser Status schützte sie vor dem Schicksal der Deportation, jedoch nur so lange ihr Mann lebte. Da Otto Ihl erst in der Nachkriegszeit (1961) starb, überlebte seine Frau die NS-Diktatur und starb am 1. August 1949 in Bad Kissingen.